En las aplicaciones de PCR, la obtención de resultados precisos y reproducibles depende de la calidad del agua utilizada en el análisis. La selección del agua se guía por la sensibilidad de los métodos de PCR empleados. Para las técnicas que exigen una alta especificidad, como la PCR cuantitativa (qPCR), se recomienda encarecidamente el uso de agua ultrapura apirogénica de tipo I.