Em aplicações de PCR, a obtenção de resultados precisos e reprodutíveis depende da qualidade da água usada na análise. A seleção da água é guiada pela sensibilidade dos métodos de PCR empregados. Para técnicas que exigem alta especificidade, como a PCR quantitativa (qPCR), o uso de água ultrapura apirogênica do tipo I é altamente recomendado.