Bei PCR-Anwendungen hängt die Erzielung genauer und reproduzierbarer Ergebnisse von der Qualität des für die Analyse verwendeten Wassers ab. Die Auswahl des Wassers richtet sich nach der Empfindlichkeit der verwendeten PCR-Methoden. Für Techniken, die eine hohe Spezifität erfordern, wie z. B. die quantitative PCR (qPCR), wird die Verwendung von apyrogenem Reinstwasser vom Typ I dringend empfohlen.