Resultados eletroforéticos precisos e reproduzíveis dependem da qualidade da água utilizada na análise. A escolha do tipo de água é guiada pelos requisitos específicos da aplicação de eletroforese. Para a eletroforese de rotina em gel de agarose, a água do Tipo II pode ser adequada, enquanto técnicas de alta resolução, como a eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE), geralmente exigem o uso de água ultrapura apirogênica do Tipo I.